Signalprogrammet har som en del af programfasearbejdet opstillet anlægsbudgetter for udskiftning af signalsystemerne på både fjernbanen og S-banen.
Anlægsbudgetterne er opstillet efter principperne i Ny anlægsbudgettering. Anlægsbudgetterne omfatter midler til gennemførelse af alle de aktiviteter, der er nødvendige for at gennemføre en udskiftning af signalsystemerne
Anlægsbudgetterne udgør samlet 18,2 mia. kr. fordelt med 15,1 mia. kr. på fjernbanen og 3,1 mia. kr. på S-banen (2009-priser, eksklusiv det faste risiko-korrektionstillæg).
Anlægsbudgetterne omfatter ikke midler til fornyelse og vedligeholdelse af Banedanmarks nuværende signalanlæg i perioden frem til udskiftningen er gennemført. Disse aktiviteter er dækket af andre bevillinger.
Udskiftningen af signalsystemerne vil medføre en besparelse på drift og vedligeholdelse, der foreløbigt er opgjort til i størrelsesordenen 8,4 mia. kr. i de nye signalanlægs levetid, som er estimeret til 25 år. Dette skyldes primært, at der vil være færre vedligeholdelsestunge komponenter i sporene samt at der bliver øgede muligheder for overvågning, forebyggelse af fejl og fjernvedligeholdelse end i dag. Trafikstyringen på fjernbanen centraliseres, hvilket vil medføre en besparelse på driftsomkostningerne.
| Fjernbane | S-bane | |
| Totaludskiftning af alle signalanlæg | 15,1 | 3,1 |
| Korrektions- el. risikotillæg på 30 % | 4,5 | 0,9 |
| Total udgift | 19,6 | 4,0 |
| Anslået besparelse i fornyelse og vedligehold i signalanlægggets levetid |
6,7 | 1,7 |
Alle tal i mia. kr (2009 niveau)